南京市高淳区城乡建设局网站,网站维护上海,视频直播间话术,wordpress淘宝联盟模板写在前面
需求是对瘤胃宏基因组结果鉴定到的差异菌株与表观指标、瘤胃代谢组、血清代谢组、牛奶代谢组中有差异的部分进行关联分析#xff0c;效果图如下#xff1a; 数据准备
逗号分隔的csv格式文件#xff0c;两个表格#xff0c;一个是每个样本对应的表观指标数据效果图如下 数据准备
逗号分隔的csv格式文件两个表格一个是每个样本对应的表观指标数据另一个是每个样本对应的菌群丰度我这里用的是genus水平
需要关联的表观数据rumen.csv 不同样本的菌群丰度genus.csv R包linkET可视化
装包
install.pakages(linkET)
library(linkET)如果报错R版本有问题装不上我的4.3.1版本R出现了这个报错请尝试
install.packages(devtools)
devtools::install_github(Hy4m/linkET, force TRUE)
packageVersion(linkET)读取数据
library(ggplot2)
rumen - read.csv(rumen.csv,sep,,row.name1,stringsAsFactors FALSE,check.names FALSE)
genus - read.csv(genus.csv,sep,,row.name1,stringsAsFactors FALSE,check.names FALSE)
#如果报错row.names重复错误请检查数据格式是否为csvrumen.csv组内相关系数
matrix_data(list(rumen rumen)) %% as_md_tbl()
correlate(rumen) %% as_matrix_data()
correlate(rumen) %% as_md_tbl()correlate(rumen) %% as_md_tbl() %% qcorrplot() geom_square()#如果对“%%”功能报错装具有此功能的包即可比如dplyrlibrary(vegan)
correlate(rumen, genus, method spearman) %% qcorrplot() geom_square() geom_mark(sep \n,size 3, sig_level c(0.05, 0.01, 0.001),sig_thres 0.05, color white) #添加显著性和相关性值scale_fill_gradientn(colours RColorBrewer::brewer.pal(11, RdBu))两个表格进行关联生成相关性矩阵图带显著性标记
library(vegan)
correlate(rumen, genus, method spearman) %% qcorrplot() geom_square() geom_mark(sep \n,size 3, sig_level c(0.05, 0.01, 0.001),sig_thres 0.05, color white) #添加显著性和相关性值scale_fill_gradientn(colours RColorBrewer::brewer.pal(11, RdBu))加工可视化
library(dplyr)
mantel - mantel_test(rumen, genus,spec_select list(Milk_yeild1,Milk_fat2,Urea_Nitrogen3,Butyric_acid4,Valeric_acid5,BUN6,T_AOC7,SOD8,MDA9,IgA10,IgG11))%% mutate(rd cut(r, breaks c(-Inf, 0.5, Inf),labels c( 0.5, 0.5)),pd cut(p, breaks c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf),labels c( 0.01, 0.01 - 0.05, 0.05)))qcorrplot(correlate(genus), type lower, diag FALSE) geom_square() geom_mark(sep \n,size 1.8, sig_level c(0.05, 0.01, 0.001),sig_thres 0.05,colorwhite) geom_couple(aes(colour pd, size rd), data mantel, curvature nice_curvature()) scale_fill_gradientn(colours RColorBrewer::brewer.pal(11, RdBu)) scale_size_manual(values c(0.5, 1, 2)) scale_colour_manual(values color_pal(3)) guides(size guide_legend(title Mantels r,override.aes list(color black), order 2),colour guide_legend(title Mantels p, override.aes list(size 3), order 1),fill guide_colorbar(title Pearsons r, order 3))不显著的灰色连接线部分也可以去掉让画面更干净。其余细节去AI加工即可。
