建设阿里巴巴网站,WordPress 上传头像 前端,专业网站建设制作价格低,网站空间商拿不回数据1写在前面 最近在用的包经常涉及到SummarizedExperiment格式的文件#xff0c;不知道大家有没有遇到过。#x1f912; 一开始觉得这种格式真麻烦#xff0c;后面搞懂了之后发现真是香啊#xff0c;爱不释手#xff01;~#x1f61c; 2什么是SummarizedExperiment 这种cla…1写在前面 最近在用的包经常涉及到SummarizedExperiment格式的文件不知道大家有没有遇到过。 一开始觉得这种格式真麻烦后面搞懂了之后发现真是香啊爱不释手~ 2什么是SummarizedExperiment 这种class主要包括了以下几个内容 assay(), 包含一个或多个矩阵, 如行为基因名, 列为样本;colData(), 对列的注释格式为DataFrame, 如样本信息的描述;rowData() 和或rowRanges(), 对列的注释如rowRanges()描述基因坐标rowData()描述每个基因差异分析后的logFC和pvalue;metadata() 描述整个object的list; 3用到的包 rm(list ls())library(SummarizedExperiment)library(tidyverse)library(RColorBrewer)library(airway)library(edgeR) 4处理SummarizedExperiment对象 4.1 示例数据 这里我们用到airway包内的示例数据讲解一下如何操作。 这个data的基本研究设计是用地塞米松处理人气道平滑肌细胞后进行RNA-seq。 data(airway, packageairway)se - airwayse 4.2 查看colData colData包含了样本或表型信息返回的格式为DataFrame。 colData(se) 4.3 提取colData的指定列 se$cell 4.4 查看列名和行名 我们看一下行名和列名。 colnames(se) head(rownames(se)) 4.5 查看表达矩阵名 assayNames(se) 4.6 查看表达矩阵 一个SummarizedExperiment格式的object是可以包含多个assay的。 assays(se) 4.7 查看指定assay head(assay(se, counts)) 4.8 rowRanges或granges 接下里是重中之重了SummarizedExperiment允许代表不同特征的rowRanges (或granges)数据。 length(rowRanges(se)) dim(se) 这里我们可以看到行特征对应了很多注释信息这样我们在操作的时候就更加方便调取了。 rowRanges(se) 4.9 获取start信息 start(rowRanges(se)) 对于这种IRanges 对象 你也可以直接使用start()函数获取其他常见的函数还有endwidth。 start(se) 4.10 提取制定对象 如果我们只想获取制定条件下的SummarizedExperiment对象可以用subsetByOverlaps()函数或者直接使用GRanges[List]。 gr - GRanges(seqnames 1, ranges IRanges(start 1, end 10^7))subsetByOverlaps(airway, gr) 5手动创建SummarizedExperiment 5.1 读入数据 这里我准备了样本数据和counts矩阵两个文件大家跟着我一起试一下吧。 pdata - read.csv(./SummarizedExperiment/airway-sample-sheet.csv) counts - read.csv(./SummarizedExperiment/airway-read-counts.csv) 5.2 整理数据并创建SummarizedExperiment pdata - column_to_rownames(pdata, Run)counts - column_to_rownames(counts, Run)se_juan - SummarizedExperiment(t(counts), colData pdata, rowRanges )se_juan 5.3 准备rowData 我们再试着把rowData加进之前的SummarizedExperiment里。 这里我们用一下EnsDb.Hsapiens.v86包来获取基因的各种信息如染色体位置、起止位点、类型、id等等这个包以后我们再具体讲怎么用。 输出的文件为Granges完美匹配。 library(EnsDb.Hsapiens.v86)edb - EnsDb.Hsapiens.v86filter - rownames(se_juan)genes - genes(edb)genes - genes[genes$gene_id %in% filter]head(genes) 5.4 添加rowData 这里需要说一下有的基因没有具体的位点信息等可能和版本有关系以后我们再讲怎么处理。 rowData(se_juan) - genesse_juanrowData(se_juan) 6小练习 我们做个小练习试试画个基因平均表达的boxplot吧 还要取一下log哦。 assay(se_juan) %% log() %% boxplot(col colorRampPalette(brewer.pal(8, Set2))(8)) 最后祝大家早日不卷!~ 需要示例数据的小伙伴在公众号回复SummarizedExperiment获取吧 点个在看吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰 往期精彩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法~ ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗 Google | 谷歌翻译崩了我们怎么办附完美解决方案 scRNA-seq | 吐血整理的单细胞入门教程 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~ RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定~ rms | 批量完成你的线性回归 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图 Network | 高颜值动态网络可视化工具 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图 linkET | 完美解决ggcor安装失败方案附教程 ...... 本文由 mdnice 多平台发布
