在线支付网站建设,物流网站建设 市场分析,温州网站设计公司,给网站加织梦后台#x1f3c6;本文收录于《CSDN问答解惑-专业版》专栏#xff0c;主要记录项目实战过程中的Bug之前因后果及提供真实有效的解决方案#xff0c;希望能够助你一臂之力#xff0c;帮你早日登顶实现财富自由#x1f680;#xff1b;同时#xff0c;欢迎大家关注收… 本文收录于《CSDN问答解惑-专业版》专栏主要记录项目实战过程中的Bug之前因后果及提供真实有效的解决方案希望能够助你一臂之力帮你早日登顶实现财富自由同时欢迎大家关注收藏订阅持续更新中upupup 问题描述 孟德尔随机化、R语言。因为最近写孟德尔随机化的论文用的R包比较频繁结果extract_instructments 的线上功能用不了一直报错后来也去github上报错写信给数据库没啥实际进展。后来下载了GWAS数据本地做但在这一步时报错
输入代码
set.seed(114514)
res-mr(data)
mr_ratio-generate_odds_ratios(res)
setwd(E:/GWAS)
set.seed(114514)
res_single - mr_singlesnp(res)
报错
res_single - mr_singlesnp(res)
错误于mr_singlesnp(res): 不是所有的beta.exposure %in% names(dat)都是TRUEView(exposure_clumped)我Harmonized后的数据是这样的 友情提示 如上问题有的来自我自身项目开发有的收集网站有的来自读者…如有侵权立马删除。再者针对此专栏中部分问题及其问题的解答思路或步骤等存在少部分搜集于全网社区及人工智能问答等渠道若最后实在是没能帮助到你还望见谅并非所有的解答都能解决每个人的问题在此希望屏幕前的你能够给予宝贵的理解而不是立刻指责或者抱怨如果你有更优解那建议你出教程写方案一同学习共同进步。 解决方案 如下是上述问题的解决方案仅供参考 孟德尔随机化Mendelian randomization, MR是一种利用遗传变异作为工具变量来评估因果关系的统计方法。在 R 语言中进行 MR 分析通常涉及到使用特定的包和函数比如 TwoSampleMR 包。从你提供的错误信息来看问题出现在使用 mr_singlesnp 函数时提示说 beta.exposure 不是数据集 dat 中的所有列名。
首先确保你的数据集 res 是正确的格式。mr 函数通常期望数据集包含某些特定的列比如 exposure, outcome, beta.exposure, beta.outcome 等。错误信息表明 beta.exposure 不在 dat 的列名中这可能是因为数据集的列名不匹配或者数据没有正确地加载。
以下是一些可能的解决步骤
检查数据集列名确保 res 数据集中的列名与 mr_singlesnp 函数所期望的列名一致。
# 查看数据集列名
names(res)数据清洗如果列名不匹配你可能需要重命名列。
# 假设你的列名是 beta_exposure 而不是 beta.exposure
names(res)[names(res) beta_exposure] - beta.exposure检查数据完整性确保所有必要的列都存在于数据集中并且没有缺失值。 查看 mr 函数的帮助文档了解 mr 函数的输入要求。
?mr检查 mr_ratio 的生成如果 mr_ratio 的生成没有问题那么可能问题出在 mr_singlesnp 的调用上。 使用 TwoSampleMR 包的示例数据尝试使用 TwoSampleMR 包提供的示例数据来运行 mr_singlesnp以确定问题是否与你的特定数据集有关。 更新 R 和包确保你的 R 和所有相关包都是最新版本。 查看错误报告如果你已经在 GitHub 上报告了错误检查是否有任何更新或建议。 寻求社区帮助如果问题仍然无法解决可以在 R 社区论坛或相关的 MR 分析社区寻求帮助。 最后如果你需要进一步的帮助来解决这个问题你可以提供更多的上下文信息比如 res 数据集的结构以及你使用的 TwoSampleMR 包的版本等。这样社区成员或开发者可以更准确地诊断问题所在。 希望如上措施及解决方案能够帮到有需要的你。 PS如若遇到采纳如下方案还是未解决的同学希望不要抱怨急躁毕竟影响因素众多我写出来也是希望能够尽最大努力帮助到同类似问题的小伙伴即把你未解决或者产生新Bug黏贴在评论区我们大家一起来努力一起帮你看看可以不咯。 若有对当前Bug有与如下提供的方法不一致有个不情之请希望你能把你的新思路或新方法分享到评论区一起学习目的就是帮助更多所需要的同学正所谓「赠人玫瑰手留余香」。 ☀️写在最后 ok以上就是我这期的Bug修复内容啦如果还想查找更多解决方案你可以看看我专门收集Bug及提供解决方案的专栏《CSDN问答解惑-专业版》都是实战中碰到的Bug希望对你有所帮助。到此咱们下期拜拜。 码字不易如果这篇文章对你有所帮助帮忙给 bug菌 来个一键三连(关注、点赞、收藏) 您的支持就是我坚持写作分享知识点传播技术的最大动力。 同时也推荐大家关注我的硬核公众号:「猿圈奇妙屋」 以第一手学习bug菌的首发干货不仅能学习更多技术硬货还可白嫖最新BAT大厂面试真题、4000G Pdf技术书籍、万份简历/PPT模板、技术文章Markdown文档等海量资料你想要的我都有 关于我
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