公司最近想做个网站怎么办,机关单位网站建设合同,漳州网站建设点击博大选,在线crm平台问题及解决方法
IGV.js 完全本地化是为了合规#xff0c;不使用外网的情况下查看基因组。不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外#xff0c;还需要修改 igv.js本身#xff0c;防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json#xff0c;改为本地的…问题及解决方法
IGV.js 完全本地化是为了合规不使用外网的情况下查看基因组。不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外还需要修改 igv.js本身防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json改为本地的。这时搜索功能障碍可以搜索定位 chr1:12345 这样的位点不能搜索EGFR 这样的基因字符串。还是要修改js文件具体方法见下文。
版本号: igv.version() #2.15.10 怎么本地支持搜索
1. 需要修改的地方
(1) 线索1a该函数的返回值是什么类型的
function searchWebService(browser, locus, searchConfig){ //57722//const result await igvxhr.loadString(path, options);//
}(2) 线索1b: 先看参数类型
igvxhr.loadString(path, options); // line 57728
debug wjl: 1 EGFR https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFR {timeout: 5000}
参数cocus: EGFRpath: https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFRoptions: {timeout: 5000}(3) 线索1c: 返回值 不确定只能根据代码推测 return this._loadStringFromUrl(path, options)async _loadStringFromUrl(url, options) {options options || {};options.responseType arraybuffer;const data await this.load(url, options);return arrayBufferToString(data)}this.load(url, options); 中引用的是return this._loadURL(url, options) //18672xhr.send(sendData); //18825(4) 线索1d: ajax 的请求链接
url: https://igv.org/genomes/locus.php?genome$GENOME$name$FEATURE$, //57547
https://igv.org/genomes/locus.php?genomehg38nameEGFR 2. 从下文代码找线索需要什么数据
(1) 线索2a: 下一行怎么使用该数据 const locusObject processSearchResult(browser, result, searchConfig);找到最相关的 const locusObject {chr, start, end}; //57796const result //手动设置确认格式 //57731这里很关键
(2) 线索2b: 该函数调用 parseSearchResults
function processSearchResult(browser, result, searchConfig) { //57750
if (plain searchConfig.type) {console.log(debug wjl: 4, result, searchConfig ) // debug 11223344results parseSearchResults(browser, result);
}(3) 线索2c: 这是最终格式 * Parse the igv line-oriented (non json) search results.* Example* EGFR chr7:55,086,724-55,275,031 refseqfunction parseSearchResults(browser, data) { //57827}(4) 这个格式怎么修改 就是 refseq的第1335和第6列。
$ zcat ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk {print $13\t$3:$5-$6\trefseq} | grep EGFR | head -n1
EGFR chr7:55019016-55156939 refseq(5) 回退到上一步
57843行 lineEGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq
57731 const result EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq
57547 url: https://igv.org/genomes/locus.php?genome$GENOME$name$FEATURE$,(6) 设置一个支持cors的、返回字符串的服务器返回值是
zcat /home/wangjl/soft/scIGV/ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk {print $13\t$3:$5-$6\trefseq} | grep CCND1 | head -n 1其他关键技术点
flask 在后台执行 linux 命令flask返回支持cors的字符串支持cors和range的bam大文件服务器
幸运的是这些之前都解决过。
