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seqkit是一种跨平台的、极快的#xff0c;全面的fasta/q处理工具。seqkit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元文件#xff0c;包括Windows#xff0c;Linux#xff0c;MacOS X#xff0c;并且不依赖于任何的配置或预先配置就可以直接使用。
关于seqk…1.软件介绍
seqkit是一种跨平台的、极快的全面的fasta/q处理工具。seqkit为所有的主流操作系统提供了一种可执行的双元文件包括WindowsLinuxMacOS X并且不依赖于任何的配置或预先配置就可以直接使用。
关于seqkit的更多信息请访问seqkit官网。
语言go
一句话描述fasta/q处理工具
开源协议MIT License
建议版本seqkit v2.2.0
2.环境要求
2.1. 硬件要求如下表
项目说明CPUKunpeng 920内存大小32GB 2666MHz * 16网卡1*10GE
2.2. 软件要求如下表
项目版本下载地址SeqKit2.2.0https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz毕昇编译器2.1.0https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit/compiler/bishenggogo1.18https://dl.google.com/go/go1.18.linux-arm64.tar.gz
2.3. 操作系统要求如下表
项目版本下载地址openEuleropenEuler 20.03 SP3https://repo.openeuler.org/openEuler-20.03-LTS-SP3/Kernel4.19.90https://gitee.com/openeuler/kernel
3.移植规划
本章节给出seqkit软件在移植过程中涉及到的相关软件安装规划路径的用途及详细说明。
移植路径规划
序号软件安装规划路径用途说明1/usr/local/bisheng毕昇编译器的安装规划路径。这里的安装规划路径只是一个举例说明建议部署在共享路径中。需要根据实际情况调整后续章节凡是遇到安装路径的命令都以现网实际规划的安装路径为准进行替换不再单独说明。2/usr/local/seqkit/gogo环境安装规划路径。3/usr/local/seqkit/seqkitSeqKit的安装规划路径。
4.配置编译环境
前提条件使用SFTP工具将各安装包上传至服务器对应目录下。
配置流程
序号配置项说明1搭建鲲鹏基座软件参考4.1 搭建鲲鹏基座软件2安装依赖参考4.2 yum安装依赖3部署go环境参考4.3 部署go环境
4.1 搭建鲲鹏基座软件
4.1.1 yum源安装方式
步骤1 在/etc/yum.repos.d/目录下增加配置文件bisheng-compiler.repo
cat /etc/yum.repos.d/bisheng-compiler.repo EOF[bisheng-compiler]namebisheng-compilerbaseurlhttps://repo.oepkgs.net/bisheng/aarch64/enabled1gpgcheck0priority100EOF步骤2 从yum源下载和安装毕昇编译器rpm包
yum update
yum install bisheng-compiler -y步骤3 可选清空当前窗口的hash表。
如果系统中有其他版本的 LLVM 编译器请在安装毕昇编译器之后立即运行
hash -r防止clang命令被hash捕获出现毕昇编译器或开源LLVM编译器无法使用的问题。
步骤4 验证安装是否成功。
安装完毕后执行如下命令验证毕昇编译器版本
clang -v若返回结果已包含bisheng compiler版本信息说明安装成功。
4.1.2 软件包安装方式
步骤 1 准备工作。
在毕昇编译器产品页选择“毕昇编译器软件包下载”获取毕昇编译器软件包并且上传至服务器上。
软件包下载页面https://www.hikunpeng.com/zh/developer/devkit/compiler/bisheng
步骤 2 安装毕昇编译器环境依赖项
yum install -y gcc glibc libatomic bc tar步骤 3 创建毕昇编译器安装目录:
mkdir -p /usr/local/bisheng注意 /usr/local/为举例说明路径请根据用例存放实际路径修改。
步骤4 下载毕昇编译器压缩包并解压
cd /usr/local/bisheng
wget https://mirrors.huaweicloud.com/kunpeng/archive/compiler/bisheng_compiler/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz --no-check-certificate
tar -zxvf bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux.tar.gz解压完成后在当前目录下出现名为“bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux”的目录。
步骤 5 安装environment-modules工具
yum install environment-modules -y
source /etc/profile步骤6 创建环境变量配置文件
vi /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles新增如下内容
#%Module1.0
conflict bisheng
prepend-path PATH /usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/bin
prepend-path LD_LIBRARY_PATH /usr/local/bisheng/bisheng-compiler-2.1.0-aarch64-linux/lib步骤7 在当前shell中加载环境变量
module use /usr/local/bisheng/
module load /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles注意若要避免每打开一个shell就要导入一次变量的情况建议可将环境变量写入到系统配置文件中(可选)
vi /etc/profile新增如下内容
module use /usr/local/bisheng/
module load /usr/local/bisheng/bisheng_modulefiles步骤 8使环境变量生效。
source /etc/profile步骤 9 清空当前窗口的hash表(可选)。
如果系统中有其他版本的 LLVM 编译器请在安装毕昇编译器之后立即运行如下命令
hash -r防止clang命令被hash捕获出现毕昇编译器或开源LLVM编译器无法使用的问题。
步骤 10 验证安装是否成功。
安装完毕后执行如下命令验证毕昇编译器版本
clang -v若返回结果已包含bisheng compiler版本信息说明安装成功。
----结束
4.2 安装依赖
步骤1yum安装依赖包: yum -y install git gcc gcc-c vimsource /etc/profile4.3 部署go环境
步骤 1 使用PuTTY工具以root用户登录服务器。 步骤 2 进入“/home”目录:
cd /home步骤 3 获取go压缩包
wget https://dl.google.com/go/go1.18.linux-arm64.tar.gz步骤 4 创建安装路径
mkdir -p /usr/local/seqkit/步骤 5 解压go安装包
tar -zxvf go1.18.linux-arm64.tar.gz -C /usr/local/seqkit/注请以实际压缩包名称进行解压缩操作。 步骤 6 配置环境变量
vi /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles新增如下内容
#%Module1.0
conflict go
set GO /usr/local/seqkit/go
setenv GO $GO
prepend-path PATH $GO/bin步骤 7 加载环境变量:
module use /usr/local/seqkit/go
module load /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles步骤 8 若要避免每打开一个shell就要导入一次变量的情况建议可将环境变量写入到系统配置文件中(可选)
vi /etc/profile新增如下内容
module use /usr/local/seqkit/go
module load /usr/local/seqkit/go/go_modulefiles步骤 9使环境变量生效。
source /etc/profile步骤 10 执行以下查看安装路径
ls /usr/local/seqkit/go/步骤11 查看版本号
go version步骤 12 将go源替换成国内源
go env -w GOPROXYhttps://goproxy.cn5.获取源码
步骤 1 下载seqkit安装包“v2.2.0.tar.gz”。
下载地址https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz
6.编译和安装
步骤 1 使用PuTTY工具以root用户登录服务器。 步骤 2 进入“/home”目录
cd /home步骤 3 获取源码包
wget https://github.com/shenwei356/seqkit/archive/refs/tags/v2.2.0.tar.gz步骤 4 解压缩包
mv v2.2.0.tar.gz seqkit-2.2.0.tar.gz tar -xvf seqkit-2.2.0.tar.gz步骤 5 进入编译配置
go env -w CXXclang
go env -w CCclang
go env步骤 6 进行编译
cd seqkit-2.2.0/seqkit/
go build步骤 7 进行安装
mkdir -p /usr/local/seqkit/seqkit/bin
cp ./seqkit /usr/local/seqkit/seqkit/bin
ls /usr/local/seqkit/seqkit/bin步骤 8 环境变量设置
vi /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles新增如下内容
#%Module1.0
conflict seqkit
set SEQKIT /usr/local/seqkit/seqkit
setenv SEQKIT $SEQKIT
prepend-path PATH $SEQKIT/bin步骤 9 加载环境变量
module use /usr/local/seqkit/seqkit
module load /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles步骤 10 若要避免每打开一个shell就导入一次变量的情况建议可写入到系统配置文件中(可选)
vi /etc/profile新增如下内容
module use /usr/local/seqkit/seqkit
module load /usr/local/seqkit/seqkit/seqkit_modulefiles步骤 11 使环境变量生效。
source /etc/profile----结束
7.运行和验证
数据来源 测试验证数据及脚本皆来自seqkit源码包源码包下载地址见第5章节数据及脚本所在包中位置 步骤 1 使用PuTTY工具以root用户登录服务器。 步骤 2 进入源码包目录。
cd /home/seqkit-2.2.0/步骤 3 拷贝测试验证脚本到当前目录
cp tests/test.sh ./步骤 4 编辑脚本删除seqkit的生成命令修改脚本中的seqkit所在路径为安装位置
vi test.sh注意安装路径以实际情况为准。 修改前 修改后 步骤 5 执行如下命令验证seqkit的运行
bash test.sh步骤 6 查看seqkit工具详情 seqkit --help
