网站 多语,企业网站建设模拟实验,平面设计培训网,wps如何做网站引言 PlotHiC 是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法#xff0c;它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据#xff0c;PlotHiC[1] 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。… 引言 PlotHiC 是一个专为 Hi-C 数据可视化分析而设计的 Python 包。Hi-C 技术是一种能够检测染色体三维结构的实验方法它能揭示 DNA 在细胞核内的三维组织结构。为了更好地展示和解释这些复杂的数据PlotHiC[1] 可以帮助用户方便地绘制Hi-C 数据的热图。 优势 仅使用 .hic文件无需 merged_nodups.txt仅5秒即可出图 可自定义染色体名称 无需 assembly文件 更新 如果有新的需求或者问题请 Open Issues 安装 需要提前安装好 python3.10 # pip install pip install plothic 使用 输入文件 .hic : 该文件来自3d-dna您需要选择最终的hic文件已进行错误调整并确定染色体边界。 chr.txt : 该文件用于在热图标记染色体的边界线和名称。第一列是染色体的名称第二列是染色体的长度这个长度是Juicebox中hi件的长度可以从Juicebox手动确定。 # name lengthChr1 24800000Chr2 44380000Chr3 63338000Chr4 81187000Chr5 97650000 示例 plothic -hic test.hic -chr chr.txt -r 100000# -hic .hic file # -chr chromosome length (in .hic file)# -r resolution to visualization 输出结果 Reference [1] Source: https://github.com/Jwindler/PlotHiC 本文由 mdnice 多平台发布
