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今天聊一下广义遗传力的计算方法。
广义遗传力定义
广义遗传力#xff08;H2H^2H2#xff09;定义为归因于基因型总体遗传变异的表型变异比例。 通常他包括三个解释#xff1a;#xff08;详见我这篇博客的公式推导 回归系数 相关系数 遗…大家好 我是邓飞。
今天聊一下广义遗传力的计算方法。
广义遗传力定义
广义遗传力H2H^2H2定义为归因于基因型总体遗传变异的表型变异比例。 通常他包括三个解释详见我这篇博客的公式推导 回归系数 相关系数 遗传力的关系
i它相当于观察到的表型上不可观察的基因型值的线性回归的确定系数ii也是预测表型值和基因型值之间的相关系数的平方iii它表示可以实现为选择响应RR的选择差异SS的比例Falconer和Mackay2005。
有两个主要原因说明植物育种中对输入平均值的遗传力感兴趣Schmidt等人2019a 1计算这个参数可以帮育种家预测选择相应 2这是一种用于评估品种评估试验结果的有用性和准确性的描述性度量。
2One stage和Two stage
Two stage两阶段方法就是先计算单个地点的育种值然后再计算一年多点或者多年多点的数据这里多个年份或者多个地点都看做是不同的环境。One stage是一步到位的MET的分析方法可以是一年多点或者是多年多点都在一个模型中进行分析。
2.1 Two stage
yiktμGiEtGxEitεikty_{ikt} μ G_iE_tGxE_{it}ε_{ikt}yiktμGiEtGxEitεikt
这里的表型方差组分为
σp2σg2σg∗e2neσe2ne∗nr\sigma_p^2 \sigma_g^2 \frac{\sigma_{g*e}^2}{n_e} \frac{\sigma_{e}^2}{n_e*n_r}σp2σg2neσg∗e2ne∗nrσe2
这里的n_e是环境的个数n_r是重复的个数。
2.2 One stage
这里Y是年份E是地点公式中包括
基因型年份地点年份与地点互作基因型与年份互作基因型与地点互作基因型与年份与地点互作残差
表型方差的计算方法
每一项都除以对应的重复数。如果数据有缺失值用调整均值进行分析方法参考 3. 更广义的遗传力计算方法
3.1 标准方法
第一种标准方法我们最常用的Vg/Vp根据一年多点或者多年多点计算出表型的方差组分然后用下面公式计算
H2σg2σp2H^2 \frac{\sigma_g^2}{\sigma_p^2} H2σp2σg2
3.2 Cullis遗传力计算
第二种Cullis方法 3.3 Piepho遗传力计算
第三种Piepho方法
4. 代码数据演示
4.1 标准方法演示
4.2 Cullis遗传力演示
4.3 Piepho遗传力演示
